Po zakończeniu rewolucji Che Guevara odgrywał w dalszym ciągu jedną z głównych ról na Kubie. Po usunięciu z rządu przedstawicieli sił prawicowych rozpoczął się drugi, tym razem socjalistyczny, etap rewolucji. Po reorganizacji aparatu władzy państwowej Che stał się drugim, po Fidelu Castro, członkiem nowego rządu Kuby. Zarządzał on gospodarką wyspy, bez wykształcenie ekonomicznego był ministrem przemysłu, a w roku 1961 został Prezesem Narodowego Banku Kuby. Ponad to podpisał umowę gospodarczą z ZSRR, a także nacjonalizował przemysł, prowadził on politykę uniezależnienia gospodarczego wyspy od USA, a tym samym zależności od Związku Radzieckiego. Guevara miał typowo lewicowe idee, podobnie jak inni działacze w Ameryce Łacińskiej, uważał Stany Zjednoczone za głównego wroga politycznego i gospodarczego. Konsekwencją jego polityki były coraz większe problemy pod względem gospodarczym na wyspie. Nie da się ukryć, że Che za szybko popchnął kubańską gospodarkę w totalny komunizm, w ogromne zróżnicowanie produkcyjne, że tymczasowo ją zrujnował.

Ernesto Rafel Guevara de la Serna w 1959 roku poślubił Aleidę March, z którą miał dwóch synów: Ernestica i Camila, oraz córkę Celitę. Z żoną podróżował do Egiptu, Indii, Japonii, Indonezji, Pakistanu i Jugosławii.

Jako Minister Przemysłu Kuby podpisał w lutym 1960 roku pakt z ZSSR, który uwolnił kubański przemysł cukrowy od USA. Drogę socjalistycznego rozwoju Kuby potwierdził I Zjazd Komunistycznej Partii Kuby w grudniu 1975 r. Przeprowadzono wybory do ciał ustawodawczych Republiki i przyjęto projekt nowej konstytucji.