Che Guevara twierdził, podobnie jak Mao Tse-tung, że rewolucję powinna sprowadzić do miasta ludność wiejska. W tym czasie świętował wydanie swojej własnej filozofii komunistycznej, która została opublikowana na Kubie 12 marca 1965 roku. Oddalał się coraz bardziej od Związku Radzieckiego. Ostatecznym rozdzieleniem się ze Związkiem Radzieckim i jego komunizmem było wygłoszenie orędzia w lutym 1965 roku do Organizacji Wspólnoty Afro-Azjatyckiej w Algierze, w którym oskarżył ZSSR o bycie “cichym wspólnikiem imperializmu”, i o nie współdziałanie z innymi blokami komunistycznymi oraz o nie udzielanie pomocy zacofanym krajom socjalistycznym. Zainicjował Konferencję Trzech Kontynentów, by zrealizować program rewolucji, zbrojnego powstania, wspólnej partyzantki dla Afryki, Azji i Ameryki Południowej. Z drugiej strony po wymuszonej próbie zawarcia dobrych stosunków z USA, jako reprezentant Kuby atakował również Amerykę, na zjeździe ONZ, za jej imperialistyczną działalność w Ameryce Łacińskiej.

Che Guevara bardziej jednak czuł się partyzantem, niż urzędnikiem, dlatego, też domagał się od Fidela Castro zgody na wyjazd do Afryki i organizowanie tam oddziałów partyzanckich. Castro zgodził się, jednak obawiając się reakcji ZSRR na poczynania Guevary, zażądał od niego napisania listu, w którym ten zrzekał się wszelkich stanowisk otrzymanych od rządu kubańskiego, zrywał z Kubą i oświadczał, że działalność w Afryce to jego prywatna inicjatywa. Fidel Castro miał zachować list w tajemnicy, a ujawnić go mógł jedynie, w momencie gdyby Rosjanie zgłosili do niego pretensje w związku z pobytem Guevary w Afryce. Jednakże Castro, bez nacisku ze strony Rosjan, ujawnił list Guevary, uniemożliwiając mu tym samym powrót na Kubę.